Když je aktivován CNC systém, požadované řezy jsou naprogramovány do softwaru a diktovány odpovídajícím nástrojům a strojním zařízením, které provádějí rozměrové úkoly, jak je specifikováno, podobně jako robot.

Při CNC programování bude generátor kódu v numerickém systému často předpokládat, že mechanismy jsou bezchybné, navzdory možnosti chyb, která je větší, kdykoli je CNC stroj nasměrován k řezání ve více než jednom směru současně.Umístění nástroje v numerickém řídicím systému je nastíněno řadou vstupů známých jako part program.

U stroje s číslicovým řízením se programy zadávají prostřednictvím děrných štítků.Naproti tomu programy pro CNC stroje jsou dodávány do počítačů prostřednictvím malých klávesnic.CNC programování je uloženo v paměti počítače.Samotný kód píší a upravují programátoři.Proto CNC systémy nabízejí mnohem rozsáhlejší výpočetní kapacitu.Nejlepší ze všeho je, že CNC systémy nejsou v žádném případě statické, protože novější výzvy mohou být přidány do již existujících programů prostřednictvím revidovaného kódu.